功能性有机肥是以农家肥、畜禽粪便、作物秸秆等有机物为载体，接入我所筛选的具有某些功能的微生物菌株，经过再次发酵技术生产的有机肥料。
该肥在第一次发酵生产过程中，接入HM发酵基，在合适的水分、温度、通气、碳氮比、酸碱度情况下，微生物快速繁殖，使有机物发酵升温，温度达到55℃以上，杀死病菌、虫卵、杂草种子等，对大分子蛋白质、纤维素进行分解，转化为易被植物吸收利用的小分子化合物。该阶段肥料无害化程度高，养分高效，营养全面，施入土壤后起苗快、不烧根苗，可用作基肥，或经简单的二次发酵后用作育苗肥
功能性有机肥是有机肥在一次发酵后，接入我所筛选的功能性菌株，在较低的温度条件下（一般不高于40℃），经过功能菌复活、繁殖，使有机肥再次发酵，并在有机肥菌落中成为优势菌株。再次发酵后形成的生物肥，是以有机肥为载体，利用功能性菌种的某些功能来调茬、抗重茬、遏止各种作物如烟草、番茄、茄子、辣椒、马铃薯等黑痉病、青枯病、枯萎病等土传病害。其作用机理是依靠拮抗性有益微生物的大量繁殖，改善土壤活性，抑制有害病原菌的生长，从而达到控制病害的目的。 
目前，我所研究推广的功能性有机肥有：烟草调茬肥，烟草抗重茬肥，烟草、番茄、茄子、辣椒、马铃薯等抗黑痉病、青枯病、枯萎病肥等。