按国家商标类别划分的第5、29、30、31、32、33类中的大多数产品均可申请认证，比如粮油、水产、果品、饮料、茶叶、畜禽蛋奶产品等；以“食”或“健”字登记的新开发产品可以申请认证；经卫生部公告既是药品也是食品的产品可以申请认证。
绿色食品暂不受理油炸方便面、叶菜类酱菜（盐渍品）、火腿肠及作用机理不甚清楚的产品（如减肥茶）的申请；由转基因原料生产（饲养）加工的任何产品均不受理。